Actuellement, le DES de pédiatrie est organisé sur cinq ans, structuré en trois phases distinctes, chacune ayant des objectifs pédagogiques spécifiques et combinant une formation en stages et hors stage :
- La phase socle (deux semestres soit un an) : Cette première année est dédiée à l'acquisition des connaissances fondamentales de la spécialité et des compétences transversales essentielles à la pratique professionnelle en pédiatrie. En Île-de-France, cette phase comprend obligatoirement un stage en réanimation néonatale et un stage en pédiatrie générale.
- La phase d'approfondissement (six semestres soit trois ans) : Cette phase permet une acquisition approfondie des connaissances et compétences spécifiques nécessaires à l'exercice de la pédiatrie. Durant cette période, les internes explorent les différentes facettes de la spécialité. En Île-de-France, cette phase inclut obligatoirement un stage en urgences, réanimation ou SMUR (26 gardes) pédiatriques, ainsi qu’un stage axé sur le développement de l'enfant (couvrant des domaines tels que la neurologie, l'endocrinologie, la gastro-entérologie, les troubles des apprentissages, la médecine de l'adolescent…). À noter qu'un des stages de cette phase peut être réalisé sans agrément en pédiatrie (dit « stage libre ») soit souvent l’occasion de découvrir le versant adulte ou médico-technique d’une surspécialisation.
- La phase de consolidation (deux semestres soit un an) : Également appelée phase de "Docteur Junior", elle est créée lors de la réforme du troisième cycle des études médicales en 2018 et appliquée à la rentrée scolaire 2020. L'interne doit avoir passé sa thèse avec succès avant de prendre ses fonctions et être inscrit dans les trois mois à l’ordre des médecins. Cette dernière année est consacrée à la consolidation de l'ensemble des connaissances et compétences professionnelles requises pour la pratique autonome de la spécialité. Le statut de Docteur Junior confère des responsabilités accrues, préparant à la prise de fonction en tant que praticien. Ainsi le Docteur Junior ne doit ni être un « super interne » tout le long de son stage, ni avoir le rôle de chef dès le début et doit acquérir son autonomisation progressivement. Il est important de rappeler que chaque Docteur Junior doit avoir un supérieur hiérarchique pouvant être facilement contacté et rejoindre rapidement l’interne si une difficulté apparaît. Cette année de Docteur Junior sera cohérente avec le parcours de formation de l’interne, et le préparera ainsi à exercer en pédiatrie générale, réanimation, surspécialité d’organe…
La plupart des internes de pédiatrie deviennent généralistes mais le programme du DES de pédiatrie inclut également la possibilité de choisir parmi quatre options (néonatologie, réanimation pédiatrique (qui ajoute une année de consolidation supplémentaire), neuropédiatrie et pneumologie pédiatrique, plusieurs Formations Spécialisées Transversales (FST) permettant aux internes de plusieurs spécialités d'acquérir des compétences spécifiques dans des domaines complémentaires et de nombreux DU/DIU (diplôme inter-universitaire).
L'ensemble de la formation du troisième cycle est placée sous la supervision de l'Unité de Formation et de Recherche (UFR) de l'université d'inscription de l'étudiant, et sa validation complète mène à l'obtention du DES de Pédiatrie.
